Olá Emilly, boa tarde!
Se os créditos indevidos que você realizou levaram saldo aos meses seguintes terá que ser feita a retificação das GIA's posteriores, de forma que as mesmas fiquem com os saldos a transportar de acordo com a retificação da primeira.
Quanto ao SPED fiscal, o mesmo deverá estar "batendo" com a GIA pois do contrário a empresa poderá ter problemas em divergências de valores.
Prazos para retificação do SPED fiscal:
1. EFD-ICMS/IPI de mês de referência de janeiro de 2009 a dezembro de 2012 pode ser retificada, sem autorização, até 30 de abril de 2013;
2. EFD-ICMS/IPI de mês de referência de janeiro de 2013 em diante, pode ser retificada, sem autorização, até o último dia do terceiro mês subsequente ao encerramento do mês da apuração (Ex.: Janeiro de 2013 pode ser retificado até 30 de abril de 2013);
3. Cumpridos estes prazos, retificações somente serão possíveis com autorização, de acordo com o que determina o referido Ajuste.
Na nova transmissão deve ser indicada a finalidade do arquivo: “remessa do arquivo substituto”. Não é permitido o envio de arquivo digital complementar ou parcial.
Att.