Prezado Gabriel, bom dia.
Vamos observar melhor o disposto no Art. 28 da resolução 94/2011.
No § 1 ele fala que na hipótese da ME ou EPP optante pelo Simples Nacional se encontrar na condição de substituta tributária, deverá recolher a parcela dos tributos devidos por responsabilidade tributária diretamente ao ente detentor da respectiva competência tributária. Ou bom seja, seu fornecedor do PR deverá recolher o ICMS Substituto para o estado de SP.
Conforme § 2 o valor do imposto devido por substituição tributária corresponderá à diferença entre:
I - o valor resultante da aplicação da alíquota interna do ente a que se refere o § 1 º sobre o preço máximo de venda a varejo fixado pela autoridade competente ou sugerido pelo fabricante, ou sobre o preço a consumidor usualmente praticado; e
II - o valor resultante da aplicação da alíquota interna ou interestadual sobre o valor da operação ou prestação própria do substituto tributário.
Observe que a diferença é entre o valor resultante da alíquota interna de quem está comprando, com o valor resultante da aplicação da alíquota interna ou interestadual. Ou bom seja, para efeito do cálculo do ICMS substituto, eu utilizo o crédito para efeito do cálculo.
Persistindo dúvida, por favor, volte a postar.
Atenciosamente,