Estoque da produção de Panificadoras dentro de Supermercados

No caso de panificadora, alocada dentro de supermercado, há processo industrial, onde entram insumos e saem produtos finais. Os insumos são baixados por uso e consumo. Ocorre que, em nosso caso, existe apenas o registro das saídas dos produtos finais, através da emissão de documentos fiscais. Não existindo registro, em nosso estoque, da entrada desses produtos. Ficando uma lacuna. A ideia é controlar a produção, e emitir entradas no estoque. Como poderíamos fazer isto?