Bom Dia,
O MEI paga o ISS em valor fixo por meio dos DAS, que vencem todo dia 20.
A competência e a forma de fechamento varia por município, mas o mais comum é fazer o fechamento (no próprio site ou sistema) das Notas Fiscais emitidas (geralmente DMS - Declaracao mensal de serviços), fazer fechamento negativo se não houve Nota Fiscal, e efetuar o fechamento sem emitir a guia, ou colocar a data e valor pagos no DAS MEI.
Alguns municípios também tem que fechar a competência com a REST, onde se descreve todas as notas fiscais de terceiros, serviços adquiridos.
Como falei, varia muito, mas na teoria é assim.
Verifique com o pessoal do departamento tributário de seu município.
Abçs.