Inaplicabilidade de ST para medicamentos manipulados

Nos somos uma distribuidora de matéria prima para manipulação de fórmulas magistrais, por parte de farmácias de manipulação. Fornecemos para todos os estados do Brasil.

Recentemente estamos recebendo diversas solicitações de inaplicabilidade da ST, em que cada caso a farmácia alega que a manipulação de medicamentos é considerado industrialização ou que o mesma é considerada um serviço.

Fazendo uma consulta, encontrei diversos artigos jurídicos que mostram que a manipulação de medicamentos é considerada serviço:

http://www.portaltributario.com.br/artigos/iss-farmacias-de-manipulacao.htm

Aliás, encontrei até jurisprudência sobre este assunto:

http://direitotributarioeadministrativo.blogspot.com.br/2012/04/tjsp-produto-farmaceutico-manipulado-e.html

http://www.jusbrasil.com.br/jurisprudencia/busca?q=ISSQN.+SERVI%C3%87OS+FARMAC%C3%8AUTICOS

Minha dúvida é saber se a responsabilidade por determinar se uma farmácia de manipulação é considerada indústria ou serviço é exclusiva do substituto tributário, ou se é permitido que esta responsabilidade seja do substituído tributário, através de uma simples declaração. Ou seja, uma farmácia de manipulação pode se declarar como indústria? O substituto tributário pode acatar este tipo de declaração do substituído tributário?

Nesta última hipótese, existe algum risco do substituto tributário sofrer algum tipo de penalidade da SEFAZ do substituído tributário?

Existe alguma lei que trata exclusivamente da responsabilidade pela definição tributária do substituído?

Boa tarde, também estou com essa mesma dúvida do caro colega.