Mauricio Nonato da Mata, bom dia.
Entendo que você possa fazer a declaração conforme modelo abaixo, com base no artigo 166 do CTN:
À
X Ltda. (empresa que emitiu nota fiscal incorretamente)
Rua ZXC, 440 – Bairro das Flores
C.N.P.J. 00.000.000/0001-10
Cidade - SP
DECLARAÇÃO FISCAL (MODELO)
Declaramos para fins fiscais, que na nota fiscal a seguir, emitida pela empresa acima identificada, ocorreram divergências ocasionando destaque indevido do IPI, como segue:
Nota Fiscal N°: 100
Data: 00/00/2000 IPI: R$ 100,00
Declaramos também que não nos utilizamos e nem nos utilizaremos do IPI lançado indevidamente, assim autorizamos a empresa a pleitear a compensação ou restituição do valor de R$ 100,00 (cem reais), nos termos da legislação aplicável.
X. Ltda.
Empresa : Y Comércio Ltda. (empresa pleitadora do imposto)
C.N.P.J.: 00.000.000/0001-00
Inscr.Est.: 000.000.000.000
Fundamento CTN art.166
Art. 166. A restituição de tributos que comportem, por sua natureza, transferência do respectivo encargo financeiro somente será feita a quem prove haver assumido o referido encargo, ou, no caso de tê-lo transferido a terceiro, estar por este expressamente autorizado a recebê-la.
PS: É necessário avaliar como ficou a questão dos livros e demais obrigações atreladas.
Att.,