Michele,
Estou disponibilizando a resposta de um colega, que poderá auxiliar voce, caso persista a dúvida retorne ao fórum.
O processo de lançamento dos documentos por ser manual pode apresentar muitos erros pois o sistema PGVAT só vai validar as informações na hora da geração do arquivo digital. Cada erro deve ser avaliado e corrigido no lançamento feito no sistema PGVAT.
Como alternativa você poderá optar por utilizar um sistema alternativo. Como sugestão indico o "PGAD e-CredRural" que é um sistema capaz de gerenciar inúmeros registros sem perder a performance. Ainda você poderá baixar XML's de NF-e ou CT-e e importa-las direto para o sistema "PGAD e-CredRural". Se preferir, você poderá integrar NF-e diretamente do site da Nota Fiscal Eletrônica. Todos os dados contidos nos XML's de nota fiscal são integrados ao sistema (Clientes, Fornecedores, Transportadoras, Produtos, Estados, Municípios, etc).
Procure por "PGAD e-CredRural" no google ou se preferir....
http://www.pgemp.com.br/ ou ainda http://www.superdownloads.com.br/download/68/pgad-e-credrural/