Marta,
Primeiramente deve ser verificado para onde o ISS é devido. Assim, alinha-se o ISS retido ao devido. Pelo que vi, você está interpretando que deve recolher a diferença da alíquota do seu município em relação ao município onde é devido o ISS, mas não é desta forma.
Exemplo:
Serviços prestados com ISS devido no município de sua empresa: R$ 50.000,00 x 5% = ISS a recolher em seu município =R$ 2.500,00.
Serviços prestados com ISS devido a outro município: R$ 100.000,00 x 3% = ISS a recolher em outro município =R$ 3.000,00. Se estes R$ 3.000,00 foram retidos na nota fiscal, e a obrigação de recolhimento do imposto para o tomador, então não haverá mais nada de ISS a recolher aqui.
É comum que a alíquota % de um mesmo serviço seja diferente de uma cidade para outra, então basta enquadrar corretamente o serviço, e emitir corretamente a NF destacando a alíquota correta, o domicílio do tributo e o responsável pelo recolhimento.
Espero ter ajudado, se não respondi o que precisa, favor comentar aqui para que possamos solucionar sua dúvida.
Atenciosamente,
Guilherme Heiderichi Correia - Contador/CRCSP - Especialista em Controladoria e Finanças
Foco em Incorporação, Construção e Serviços
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