CT-e não emitido

Olá, contratei uma transportadora de SP para serviços intermunicipais , minha empresa também é de SP. Porém no fechamento de junho a transportadora verificou que 6 entregas foram feitas sem a emissão do CT-e. Como fazemos para regularizar isso, sem que haja problema para minha empresa? Pois preciso fazer o pagamento dos fretes realizados no mês á transportadora. Obrigada.