Bom dia Alessandra Neves
A primeira coisa a fazer é saber desde quando a Empresa está obrigada a EFD ICMS/IPI. A partir daí, a empresa estará dispensada do Sintegra:
Sintegra x SPED Fiscal - EFD (Escrituração Fiscal Digital)
O contribuinte paulista obrigado à entrega da EFD - Escrituração Fiscal Digital - está dispensado de enviar os arquivos do Sintegra, pois a EFD já contém a totalidade das informações fiscais.
Previsão Legal: Portaria CAT 32/96, Artigo 1º, § 1º-A - o disposto nesta portaria não se aplica, relativamente à escrituração de livros fiscais e geração de arquivos digitais, ao contribuinte que esteja sujeito à Escrituração Fiscal Digital - EFD prevista no artigo 250-A do RICMS/00.
Fonte: http://pfe.fazenda.sp.gov.br/sint_01.shtm
Para saber detalhes da obrigatoriedade do cliente ao Sintegra, antes da obrigatoriedade da EFD ICMS/IPI, sugiro que procure o Posto Fiscal de sua jurisdição.