Bom dia, Camilla.
Eu também entendi como o Diogo, acho que a operação deveria ser realizada da seguinte maneira:
Os itens comprados não seriam entregues diretamente ao estabelecimento do comprador e sim no do fabricante, e lá iriam sofrer modificações.
Aqui, na legislação do Rio de Janeiro, de acordo com o Art. 41 da Resolução SEFAZ N° 720/2014, Parte II, esse tipo de operação é realizado da seguinte maneira:
VENDA À ORDEM (essa nota será emitida pelo fornecedor para a empresa compradora- sua empresa)
O fornecedor deverá emitir uma nota fiscal com destaque do imposto e as informações da indústria em que foi entregue a MP.
REMESSA À ORDEM (essa nota também será emitida pelo fornecedor, só que para o estabelecimento que irá receber os itens. Uma nota para acompanhar a mercadoria)
Nesta nota o fornecedor não irá destacar o imposto; fazer referência à nota fiscal anterior.
RETORNO DA INDUSTRIALIZAÇÃO (nota emitida do estabelecimento industrial para sua empresa, com o produto já pronto. No caso, a máquina)
Fazer referência a nota anterior, e destacar o ICMS sobre o valor total cobrado do autor da encomenda.
Já em relação aos CFOP's, vai depender do caso. Mas, pelo que eu entendi, a operação poderia ser realizada da seguinte maneira:
1122 ou 2122 (Compra para industrialização em que a mercadoria foi remetida pelo fornecedor ao industrializador sem transitar pelo estabelecimento adquirente): Já que os itens comprados não transitariam no seu estabelecimento.
1124 ou 2124 (Industrialização efetuada por outra empresa) : Lembrando que, na descrição do CFOP fala que se o produto integralizar o ativo da empresa ou se tratar de mercadoria para uso próprio deverão ser utilizados os CFOP's 1551/2551 ou 1556/2556. Acho que no seu caso o CFOP ideal seria o 1551/2551.