Lívia,
O ISS é regulamentado pela Lei 116/03 ( http://www.planalto.gov.br/ccivil_03/leis/LCP/Lcp116.htm ).
Fato é que os municípios tem autonomia para legislar sobre o ISS, é preciso ficar atenta por exemplo, para Prefeituras que exigem o CPOM (Cadastro de Prestadores de Outros Municípios), por exemplo, eu de Jundiaí, prestando um serviço sem retenção para SP, além de pagar o ISS sobre meu faturamento, ocorreria a situação de você ter que pagar o ISS retido por bi-tributação, para evitar tal situação é preciso em algumas Prefeituras fazer tal cadastro.
No mais, entendo que o o ISS para transporte (16.01) deve-se reter no município aonde está sendo prestado o serviço, já o 14.13 não deve sofrer retenção, porém atente-se ao que falei antes no que diz respeito ao cadastro, quando necessário, verifique a Lei Complementar 116/03 e faça vistas principalmente ao Art. 3º.