Remessa de Material com incidência de Substituição Tributári

Boa tarde!

Gostaria de uma orientação sobre uma operação que realizamos em nossa empresa:
Um determinado cliente realizou uma compra (Entrega Futura) de um material onde há incidência de ST.
No momento do faturamento realizamos a operação da seguinte maneira:
Sobre o valor do produto, calculamos o IVA e o valor resultante jogamos nos campos " outras despesas acessórias" o CFOP ficou o 5.922.
O grande problema foi fazer a remessa do material, pois não existe um CFOP específico para remessa de material com ST.
Minha gerente achou por melhor usar o CFOP de remessa (5.116) e lançar o valor da ST no campo específico.
A nota foi validada e enviada ao cliente sem maiores transtornos.
Quando nosso depto fiscal encontrou a maior dificuldade na hora de elaboração da GIA, visto que o sistema não aceitou o CFOP de remessa.
Nesse caso, qual a forma correta de proceder nesses casos?
Qual CFOP usar para essa operação?
No aguardo,
Luciana