Retorno de industrialização - Nfs antigas

Boa tarde,

Tenho uma situação na empresa que já esta a anos parada e somente agora a gestão resolveu sanar as pendencias.

Tenho remessas enviadas para industrialização no ano de 2011, porém não houve o retorno desse material para a empresa solicitante, tratasse de saldo residual.

Entramos em contato com a empresa a fim de saber se podemos emitir uma NF com o CFOP: 5903, porém a empresa alegou que não é mais necessário visto que a baixa em seu estoque foi realizada manualmente.

Há como baixar este material fiscalmente sem envolver a outra empresa?