Isenção de ICMS

Boa tarde!

Foi emitidas NF's para um cliente, cujo possui isenção de ICMS ( CONFORME CONVENIO ICMS 94, DE 28/09/2012 PUBLICADO NO DOU 04/10/2012 PELO DESPACHO 109/12 E RATIFICACAO NACIONAL DO DOU 23/10/2012 PELO ATO DECLARATORIO 15/12).
Ao emitir o CTe, a transportadora tributou o ICMS integralmente.
A isenção do ICMS na NF não deveria vir também no CTe?

ICMS de mercadoria e uma coisa totalmente diferente de ICMS de prestação de serviço (transportador).

A isenção abrange apenas a Sua operação e não a do transportador.


att,
joao