Prezada Patricia,
Muitas prefeituras tem orientações especificas para esse tipo de serviço, porisso vou colocar o que acontece onde atuo, mas que não deve mudar muito em sua cidade, porém seria mais prudente confirmar.
Se a agencia de turismo é quem realizou a compra e efetuou diretamente o pagamento, logicamente que ela deve ser reembolsada por isso e seu ganho é puramente a comissão.
Esse reembolso pode ser feito de diversas formas, como uma nota fiscal com série distinta, Nota de debito, etc.
A comissão, por se tratar do serviço prestado, sempre deverá ser acompanhado com uma nota fiscal e nunca nas observações, pois esse sim é o valor que deverá ser oferecido a tributação.
Aconselho a solicitar a própria empresa se possui algum tipo de regime especial para o caso.
Agora, cá entre nós, se a empresa constou como valor total a soma da passagem mais o da comissão e constou em observações isso, para você não fará diferença alguma.
att
Roberto