Diferença de Alíquota

Boa Tarde.

Tem uma empresa em MG que está abrindo uma filial no ES. No entanto, no ES possui apenas obra e não tem ainda CNPJ. É necessário fazer compra para a obra do ES. Nesse caso, ao fazer a compra no ES colocando o CNPJ da Matriz (MG) e colocando endereço de entrega do ES é necessário pagar Diferença de Aliquota?