Notas de serviços para isento.

Boa tarde, gostaria de informação de como devo proceder para emitir uma nota de serviço, trabalho em uma escola de inglês (cursos), e pretendemos isentar alguns alunos dos restantes das mensalidades, tentei adicionar os descontos na nota, mais a informação é que o município não permite tal procedimento, a empresa tributa pelo L.REAL, com 5% de alíquota de ISS, tenho que informa o fisco sobre tal procedimento (fato), mais não devo pagar tributos se não ha faturamento, também creio que não devo de deixar de emitir a nota. obrigado a todos.

Tenho uma empresa que presta serviço de conserto de veiculo, alguns consertos são em garantia, ou seja, não haverá recebimento, mas eles emitem nota mesmo assim e paga imposto mesmo assim, pois a partir do momento que emitiu a nota, caracteriza um faturamento tributado e a Prefeitura não quer saber se vai ou não receber.
As únicas empresas que não pagam impostos em emissão de nota fiscal é as de sem fins lucrativos, no entanto, existe toda uma papelada por trás para provar essa condição.
Claro que estou mencionando o caso no estado de São Paulo, você é de outra cidade, outro estado, mas acredito que não tem pra onde você fugir, emitiu nota, vai pagar imposto.

Então há diferencia entre faturamento estadual e municipal, já que no estado há a possibilidade de redução de faturamento(devolução e descontos).

Sim, são coisas diferentes.
Estado é venda de produto e agrega todo o estado em uma única lei, município envolve serviço e cada Prefeitura faz o seu sistema, sua legislação.
Aconselho entrar em contato com sua Prefeitura e explicar teu caso.