Boa Tarde, Cleidival, para responder de forma mais clara preciso saber o seguinte:
1. A outra nota veio o valor global do produto ou somente o valor da diferença?
2. Qual foi o código utilizado na segunda nota?
Se a empresa emitiu somente o valor da diferença e destacou o imposto, não há problema nenhum, pois o imposto poderá ser calculado normalmente, houve apenas um "destrichamento" do produto.
Agora se ele informou o valor global, basta ele fazer o cancelamento da nota fiscal anterior e calcular o imposto em cima da última. Se já tiver pago imposto da anterior, sendo Lucro Presumido poderá utilizar este crédito no mês.
Isso tudo estou falando em caso de compra/venda, tá?
Espero te ajudado.
Abraços.