Quais são as condições e prazos para o cancelamento de um CT-e?
Somente poderá ser cancelado um CT-e que tenha sido previamente autorizado o seu uso pelo Fisco e desde que não tenha ainda ocorrido o fato gerador, ou seja, em regra, ainda não tenha ocorrido o inicio da prestação de serviço de transporte. Caso tenha sido emitida Carta de Correção Eletrônica relativa a determinado CT-e, nos termos da cláusula décima sexta, este não poderá ser cancelado.
O prazo atual para o cancelamento do CT-e é de 7 dias.
Para proceder o cancelamento, o emitente deverá fazer um pedido específico gerando um arquivo XML para isso. Da mesma forma que efetuou a emissão de um CT-e, o pedido de cancelamento também deverá ser autorizado pela SEFAZ. O Layout do arquivo de solicitação de cancelamento poderá ser consultado no Manual de Integração do Contribuinte.
O status de um CT-e (autorizado, cancelado, etc) sempre poderá ser consultado no site da Secretaria da Fazenda do Estado da empresa emitente.
FONTE: https://www.fazenda.sp.gov.br/cte/perguntas_frequentes/respostas_IV.asp