Wilson,
É possível sim alterar o CFOP no cadastro.
Vou dar um exemplo dos sistemas que já tive contato: tem um programa de cadastros (sem ser o aplicativo que o cliente usa para emitir os cupons/frente de caixa), e é nele que o cliente entra para cadastrar novo produto. Neste programa deve ser pesquisado o produto a alterar, e bastará configurar o CFOP correto... não tem segredo.
Cada sistema pode ser diferente nesta tela de cadastro de produtos, e sendo que seu cliente também paga para eles mensalidade pelo software, eles devem orientar como fazer... e então a execução das alterações o cliente pode fazer. Não é algo demorado , a menos que sejam muitos produtos, fica a seu critério se dispor a ir alterar, mas não vejo o porque do contabilista ficar assumindo estas obrigações.
Atenciosamente,
Guilherme Heiderichi Correia - Contador/CRCSP - Especialista em Controladoria e Finanças
Foco em Incorporação, Construção e Serviços
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