Diferença de Alíquota para produtos isentos?!?!?!?

Amigos,

Se uma empresa localizada em Minas Gerais compra um determinado produto (sementes no caso) de outra empresa em São Paulo sendo que este produto tem alíquota reduzida em SP mas é isento em MG, seria lógico pensar em diferença de alíquota a ser recolhida pela empresa de MG? A pergunta parece um tanto insana, mas é que estou assumindo a escrita contábil desta empresa e ao analisar os documentos vi que a antiga contadora calculava a diferença de 6% em todas as notas de SP.

Ficarei grato se alguém puder comentar.

Forte abraço a todos.

No meu entender não seria devido o diferencial de Aliquotas, já que a referência é a aliquota do produto no seu estado.
Se em minas é isento, ou aliquota 0% não há base para calcular o diferencial, pois que alíquota vc usaria?

Realmente Luis! Esse também foi o meu entendimento... no caso ela estava assumindo a alíquota base do estado de MG (18%) para calcular... mas eu também entendo que não há embasamento legal para tal fato.

Muito obrigado pelo comentário. Forte abraço.