Rubens, boa noite
Desculpe, abri o tópico novamente e li a questão outra vez...
Nosso colega Adailson bem colocou, o ISS vai para aonde o serviço foi prestado.
Eu havia entendido que o frete era intermunicipal.
Empresa "A" (prestadora) estabelecida na cidade "X", e empresa "B" (tomadora) estabelecida na cidade "Z"
Se "A" prestar todo o serviço no município "Z" o ISS deverá ser recolhido para essa cidade, que de acordo com a Lei 116/03 é de natureza retida.
Lei 116/03
Art. 3o O serviço considera-se prestado e o imposto devido no local do estabelecimento prestador ou, na falta do estabelecimento, no local do domicílio do prestador, exceto nas hipóteses previstas nos incisos I a XXII, quando o imposto será devido no local:
XIX – do Município onde está sendo executado o transporte, no caso dos serviços descritos pelo subitem 16.01 da lista anexa;