Substituição Tributaria no Estado do Amazonas

Senhores, bom dia!

Fato:
Operação Interestadual, estamos no estado do Amazonas e fizemos uma compra do estado de Minas Gerais.
Compramos produtos pertencentes ao NCM (33059000 - OUTRAS PREPARAÇÕES CAPILARES), o qual tem SUBSTITUIÇÃO TRIBUTARIA aqui no Amazonas.

Problema:
A empresa tem menos de dois anos, então para retirar os produtos na transportadora tivemos que primeiro pagar a Substituição Tributaria.
Os produtos vieram a menos, mas a transportadora não verifica a quantidade de produto dentro da caixa, e sim apenas a quantidade de caixas (volumes).

Segundo uma parte dos auditores da SEFAZ-AM, que tem opiniões diferentes entre si, devemos:
Parte 01 dos auditores: Deve ser emitida uma nota complementar, nesta nota deve ser explicado o ocorrido e não será cobrado o imposto novamente.
Parte 02 dos auditores: Deve ser feita outra operação independente para receber o restante dos produtos, pois como já recebemos esta mercadoria incompleta e pagamos o imposto, não podemos rever este imposto indevido.

Como faríamos para reaver o recolhimento indevido de ST ou como faríamos para receber o restante dos produtos sem ter que pagar novamente o imposto?

Qualquer ajuda ou esclarecimento é muito bem vindo.