Renildes, boa tarde.
Eu havia entendido que seria retornado primeiro à matriz, para então ser enviado para a filial pela matriz.
Entretanto, se a mercadoria for entregue na filial diretamente pelo estabelecimento industrializador, entendo que pode-se utilizar o procedimento expresso no § 4º, do art. 125, do RICMS-SP, reproduzido abaixo:
Artigo 125 - O contribuinte, excetuado o produtor, emitirá
Nota Fiscal:
...
§ 4º - A entrega de mercadoria remetida a contribuinte deste Estado poderá ser feita em outro estabelecimento pertencente ao mesmo adquirente, quando, cumulativamente:
1 - ambos os estabelecimentos do adquirente estiverem situados neste Estado;
2 - constarem no documento fiscal emitido pelo remetente os endereços e os números de inscrição de ambos os estabelecimentos do adquirente, bem como a indicação expressa do local da entrega da mercadoria.
§ 5º - O documento fiscal a que se refere o parágrafo anterior será registrado unicamente no estabelecimento em que, efetivamente, entrar a mercadoria.
Neste
link há um material interessante acerca deste procedimento.
Acredito que com isso sua dúvida seja sanada.