Venda com S.T para área de Livre Comércio

boa tarde pessoal,
estou com uma dúvida, minha empresa situada no estado do RJ está fazendo venda para AP (Macapá), área de livre comércio, porém os nossos produtos tem protocolo e tem S.T., portanto vendemos no CFOP 6401 com o desconto de 16,25% referente ao ICMS , PIS e COFINS, uma vez que o produto tem alíquota Zero de IPI.
pergunta-se :

1) ao invés de dar o desconto de 16,25% no total da mercadoria, eu posso tirar 16,25% do meu preço unitário ? Qual é o embasamento legal ?

2) mesmo na isenção do ICMS para área de livre comércio, a Substituição tributária é devida ?

Caro Wesley Carlos:

1) ao invés de dar o desconto de 16,25% no total da mercadoria, eu posso tirar 16,25% do meu preço unitário ? Qual é o embasamento legal ?

Sendo assim, deve abater do preço da mercadoria, o ICMS que está embutido por dentro.

2) mesmo na isenção do ICMS para área de livre comércio, a Substituição tributária é devida ?
A isenção é do ICMS próprio para zona franca, e não das operações internas subsequentes, logo, é sim devido o recolhimento do ICMS-ST.