Transporte para CNPJ não habilitado

Bom dia!

Sou novo no fórum, não sei se posso criar mais de um tópico seguido, com dúvidas diferentes, se não, peço desculpas.

Minha dúvida é a seguinte:

Uma empresa de transporte do Simples Nacional, quer fazer um transporte de mercadoria para uma empresa construtora, de engenharia, com Inscrição Estadual, Não Habilitado, sendo assim ela não pode emitir NF, porém, a empresa emitiu uma Nota Fiscal Avulsa, pelo site da Fazenda de seu Estado(Bahia) dizendo que não tem Inscrição, então pode ser feito com essa nota. o Transporte pode ocorrer com essa nota fiscal avulsa feita online no site da fazenda? A transportadora pode sofrer alguma penalidade?

Grato desde já.