Intermediação de Negócios - Farmácia

Bom dia !
Tenho dúvidas se um prestador de serviços, está emitindo nota corretamente.
Ele é uma empresa do Simples que faz intermediação entre as vendas de farmácia.
Aqui na empresa que trabalho, somos LP, e temos convênio com um grupo de farmácias da região.
O funcionário pode fazer compras nessas farmácias e não paga, vem o desconto em folha posteriormente.
Na compra, a farmácia dá o Cupom Fiscal normal para cada funcionário.
Porém, como é uma rede de farmácias, a nota fiscal de serviços para a nossa empresa é feita pela empresa que faz a intermediação dessas vendas.
Por exemplo:

FARMÁCIA 1: 30 funcionários fizeram compras no valor total de 1.000,00
FARMÁCIA 2: 25 funcionários fizeram compras no valor total de 1.000,00

No fim do mês, essa intermediadora cobra a nossa empresa, que é conveniada um boleto no valor de 2.100,00.
Esses 100,00 de diferença, por exemplo, é uma taxa administrativa que eles cobram para fazer essa intermediação, porém, o valor da nota que eles emitem é de apenas esses 100,00 e não dos 2.100,00 e ainda, nós não pagamos esse valor, porquê não foi estipulado essa taxa em nosso contrato. E emitida a nota apenas para procedimento.
Isto é correto?

Olá Matheus

Mas então, como vocês contabilizam essa nota de Serviço?