Emissão de conhecimento para transbordo

Estou com um duvida com a seguinte situação:

Suponhamos que tenha um material da empresa X (CAMPINAS SP) para empresa Y(CURITIBA PR), e este material sera transbordado no CD W (SÃO BERNARDO DO CAMPO SP) para outro veiculo, para ser entregue a empresa Y.
Como devemos proceder com relação a emissão do CTE, Temos que gerar o conhecimento um para cada tipo de serviço? E permitido emitir dois CTE's com a mesma nota fiscal?

Obs:( Poderá haver veículos terceiros de motoristas autônomos contratados para este serviço não só os veículos próprios )