Tributação do ICMS em uma subcontratação de transporte

Prezados, boa tarde!

Somos uma transportadora aqui em Brasília, DF e fomos subcontratados por outra transportadora localizada em Curitiba, PR.

Uma empresa de Brasília, solicitou um transporte para a transportadora de Curitiba, o transporte de origem Brasília-DF e destino Salvador-BA, e essa transportadora, nos subcontratou para realizar esse transporte, e pediu para que fosse feito com o CT-e deles.

Minha dúvida é... Vamos ter que emitir um CT-e para essa transportadora, ficando dois CT-es para a mesma operação? Se não, como será feita a cobrança a essa transportadora? O ICMS será pago duas vezes para os estados Distrito Federal e Bahia?

Desde já, agradeço a atenção de todos.