Circulação de Mercadorias de uma mesma NF em fretes diferent

Boa Tarde senhores,

Não encontrei tópico sobre o assunto.

Tenho um cliente que emitiu uma NF contendo 2 itens, mas por um problema logístico eles não poderão ser transportados no mesmo dia.
O correto é cancelar a NF e emitir uma para cada item?
Minha maior preocupação se refere a possibilidade do cliente ser autuado pelo fato da mercadoria que está sendo transportada não corresponder à integra do documento fiscal.

Obrigada.