Emissão de nota fiscal, após fiscalização

Bom dia
Amigos

Preciso muito da ajuda de todos..

Tenho um cliente de deposito de mercadorias para terceiros, no qual havia uma maquina de um dos clientes.

Essa maquina teve sua saída em 2013, só que esse meu cliente não fez a nota de retorno da maquina, apenas recibo.

Essa maquina foi vendida em 2013 pela empresa no qual era de fato a proprietária, mas devido uma fiscalização Estadual, o fiscal percebeu que meu cliente não fez a emissão da nota e assim foi penalizado, ou seja, atuado por não emitir documento fiscal.

Meu cliente sem ter muito recurso, realizou o pagamento da multa e assim encerrou a fiscalização, mas para todo o efeito a maquina ainda consta no sistema, pois como não fez a saída na época.

Pergunto:

Posso emitir essa nota fiscal agora? (Pois preciso dar baixa no sistema e também de fato fechar essa operação)

Se eu puder emitir, iremos no campo de observação informar o numero do auto de infração e o máximo de detalhes possíveis.

Nesse caso haveria alguma classificação fiscal diferente ou seria uma nota como deveria ser feito na época?

Conto com ajuda de vocês amigos!!!

Att
Pavan