Olá Lilian Romano 
"Há 10 dias um consumidor gastou R$ 18,00 numa lanchonete, alega ter solicitado a inclusão de seu CPF, porém o cupom fiscal foi emitido sem o CPF"
 
R = A pergunta é: você tem a informação do número do cupom?
"O que fazer? Posso emitir agora uma NF-E com CFOP 5.929, informando o CPF do cidadão? Isso seria o bastante para que ele possa usufruir dos créditos da NF Paulista? Meu cliente usa o SAT. "
R = Seria uma alternativa, já que não seria possível retificar o CF-e. Muito menos este possui algum tipo de CC-e. Mas mesmo assim, envie uma pergunta ao Fale Conosco da SEFAZ/SP: https://www.fazenda.sp.gov.br/email/default_sat.asp
Eles costumam responder rapidamente.
De qualquer forma, emita a NF-e referenciando esse CF-e do seu cliente. Como não haverá imposto, acredito que já resolva o caso dele. Não esqueça de mencionar isso na sua reposta ao Fisco, de que vai emitir uma NF-e referenciando o CF-e.
Se você puder, tente fazer um teste no seu cliente: peça para que ele emita um CF-e, sem colocar o CFP, e em seguida, emita um NF-e para ver se subirá para o site. Forneça o seu CPF mesmo, ou de alguém próximo que possua cadastro no site da NFP, só para ver se a venda aparecerá lá. Em relação se haverá crédito ou não, daí o consumidor tratará com o Fisco. A sua parte, você já terá feito.