Alex,
A compra vem com ICMS a 4% por ser produto importado e o fornecedor ser de outro Estado.
A alíquota de 4% somente se aplica nas operações interestaduais com produtos importados ou produzidos e com conteúdo de importação superior a 40%, que é apurado e definido através da FCI (Ficha de Conteúdo de Importação).
O tema é um pouco complexo e pela sua dúvida, acredito não dominar (ainda) o assunto.
Para compreender melhor o tema é necessário estudar Resolução do Senado Federal 13/2012.
Recomendo a leitura das informações contidas no link mais abaixo (em especial perguntas e respostas).
O que posso adiantar é que supondo que sua empresa compra matéria-prima importada de fora do Estado (ICMS vem a 4%) e após a produção o produto resultante é comercializado dentro do Estado, independente do conteúdo de importação, a alíquota do ICMS será 18% (ou a interna do produto).
O que precisa ficar claro, é que a alíquota de 4% do ICMS não é um benefício fiscal, mas sim uma estratégia dos Estados para evitar a chamada guerra fiscal que acontecia com produtos importados.
http://www.fazenda.sp.gov.br/fci/