Dúvidas escrituração nas saídas emitidas erradas

Boa tarde,

Chegou um novo cliente no escritório, o mesmo está com uma intimação da secretaria da fazenda para melhor entendimento vou explicar o caso:

No ano de 2015 esta empresa que é uma padaria saiu do simples nacional precisamente em fevereiro, com isso o antigo contador não informou a ele que teria que ser feito tudo como regime normal até mesmo na emissão das notas fiscais destacando o icms, e as obrigações acessórias foram enviadas zerada por isso que veio o confronto com a sefaz.

Gostaria de uma dica na escrituração, porque nesse entendimento ele só terá crédito e não débito.

Pensei em nas vendas que forem sem substituição destacar o icms mesmo que não esteja na nota uma vez que já está em fiscalização acho que iria dar bronca, também pensei nessas notas emitir uma nota fiscal complementar mais irá sair com emissão em 2016 e terá que escriturar e esse ano ele entrou novamente no simples.

Estou precisando de uma luz, solução....

GRata.