Crédito de combustível na apuração do ICMS - Bahia.

Bom dia prezados.
Necessito da ajuda dos Senhores num caso um tanto complexo.

A empresa na qual trabalho é do setor de transporte rodoviário de cargas que possui filiais em vários Estados Brasileiros, sendo que a contabilidade é terceirizada em cada Estado.

No Estado da Bahia estamos encontrando uma dificuldade na apuração do ICMS, porque as duas primeiras competências de 2016 foram apuradas por intermédio do beneficio do crédito presumido de 20%, já no mês de março o Imposto deu altíssimo. Foi então que resolvi realizar um planejamento tributário do ICMS e percebi que com a utilização do credito de combustível o valor do ICMS a pagar seria menor, sendo assim resolvi suspender o pagamento da competência de março e pedi para o contador refazer a apuração desde Janeiro utilizando-se do bendito crédito de combustível que já havíamos adquirido (fizemos este mesmo processo no Estado de Alagoas).
Porém, o contador disse que o Estado não aceitava o credito de combustível para reduzir o debito do ICMS, por se tratar de uma mercadoria que já tenha sido objeto de antecipação ou substituição tributária. Então pesquisei e lhe passei a Base Legal que encontrei no RICMS-BA (Decreto nº 13.780/2012) que aduz:

"Art. 309.Constitui crédito fiscal de cada estabelecimento, para compensação com o tributo devido em operações ou prestações subsequentes e para fins de apuração do imposto a recolher, salvo disposição em contrário:
(...)
c) de combustíveis, lubrificantes, óleos, aditivos e fluidos, desde que efetivamente utilizados na prestação de serviços de transporte:
(...)
§ 6ºQuando o imposto não estiver destacado no documento fiscal ou o seu destaque tiver sido feito a menos, a utilização do crédito fiscal restante ou não destacado ficará condicionada à regularização mediante emissão de documento fiscal complementar, pelo remetente ou prestador, vedada a utilização, para esse fim, de “carta de correção”. "

Ainda melhor descriminando a operacionalização da emissão de documento fiscal próprio em decorrência ao não destaque do ICMS na Nota Fiscal de aquisição de combustível o §2º do Art. 292 do RICMS-BA relata:

Não sendo o documento fiscal emitido com o destaque do ICMS, a transportadora poderá utilizar o credito relativo a aquisição adotando os seguintes procedimento:
"I- emitir nota fiscal para este fim, tendo como natureza da operação “Recuperação de crédito”;
II - indicar ou relacionar na nota fiscal de que cuida o inciso I deste parágrafo o documento ou documentos de aquisição, e calcular sobre o valor total o crédito a ser utilizado, pela alíquota vigente para as operações internas, não podendo o destaque do imposto ter base de cálculo superior ao preço de mercado das mercadorias. "

Visto que as notas de combustível não vem com o valor do ICMS destacado por se tratar de uma mercadoria que sofreu substituição tributária, adotaremos o disposto descriminado no § 6º do Art. 309 e §2 do Art. 292 do RICMS-BA, emitindo um documento fiscal próprio destacando o ICMS. Inclusive já solicitei e enviei à Bahia o Certificado digital NF-e somente para este fim, todavia o contador colocou outra dificuldade, questionou o fato de já estarmos em setembro e emitir este documento fiscal relativo aos meses de Janeiro a Agosto.

Eu acredito que ainda podemos emitir este documento relativo aos meses anteriores, o que vocês acham?
O fato de estarmos todos esses meses sem recolher o ICMS pode nos gerar um transtorno futuramente?
O meu entendimento sobre o credito do ICMS na aquisição de combustível está correto?

Me deem uma luz, pois preciso solucionar este problema o quanto antes.

Grato por sua atenção.