Lucro Presumido cadastrado na Prefeitura como Simples Nacion

Boa Tarde!
Recentemente recebi um cliente que solicitou o encerramento da empresa de sociedade Ltda.
Identifiquei que a empresa está desenquadrado do Simples Nacional desde 2008, enquadrando para o Lucro Presumido.
Em 2013 pra cá, o Cliente sem a orientação do contador, continuou emitindo as notas de serviços como regime tributário do Simples Nacional, não alterando no site da prefeitura o regime de Tributação Normal.
Agora, ao tentar dar baixa na inscrição municipal, o ISS, o processo foi indeferido, porque a Prefeitura está solicitando o extrato do simples nacional dos últimos 5 anos e o recolhimento das guias do ISS.
O cliente não tem nenhum dos 2 documentos, porque não era Simples Nacional e emitia a Nota como Simples Nacional, por orientação do antigo Contador.
Neste caso, qual é o procedimento, pois fiz a alteração do regime tributário retroativo, mas ainda não consigo gerar as guias do ISS para o cliente efetuar o pagamento.
Aguardo o retorno,
Obrigada.

Ana Cristina, bom dia.

Deve solicitar as guias junto a Prefeitura, já que não consegue gerar a guia de maneira eletrônica, apresente o documento da alteração do regime em caráter retroativo.

A prefeitura deverá liberar as guias de ISS para pagamento, que será acrescida de multas e juros pertinentes.

Atenciosamente,