duvida emissao de documeto

Boa noite

estou com a seguinte dúvída:
tenho um cliente com atividade de transporte rodoviário de carga, e sua sede é no município do
rio de Janeiro.
ele emitiu conhecimento eletronico para uma empresa situada no município de
duque de caxias - RJ , e as empresa não aceitou
disseram que, por motivo da firma ter sede em Duque de Caxias e a coleta e entrega ter sido nesse município deveria ter sido emitida Nota
fiscal e não o conhecimento
procede?
se afirmativo que tipo de nota seria emitida?
a nota carioca não seria possivel por ser do municipio do Rio de Janeiro
alguém pode me orientar?
grato desde já