Boa tarde Felipe.Em acordo com o disposto no Artigo 3º, inciso XIX da Lei Complementar 116/2003, o imposto relativo ao serviço de transporte de natureza municipal é devido no local do Município onde está sendo executado o transporte, no caso dos serviços descritos pelo subitem 16.01 da lista anexa;.Ainda conforme a LCP 116,conforme artigo 6º, os Municípios e o Distrito Federal, mediante lei, poderão atribuir de modo expresso a responsabilidade pelo crédito tributário a terceira pessoa, vinculada ao fato gerador da respectiva obrigação, excluindo a responsabilidade do contribuinte ou atribuindo-a a este em caráter supletivo do cumprimento total ou parcial da referida obrigação, inclusive no que se refere à multa e aos acréscimos legais..Portanto desde que haja lei municipal corroborando o que diz a lei complementar, a retenção é devida e deve ser feita em nota fiscal.No seu caso se você já efetuou o recolhimento para o município,ainda que incorretamente(pois o correto é reter na nota fiscal),não há mais o que se falar em retenção por parte do tomador .Sugiro apresentar ao tomador o comprovante de recolhimento do ISS e requerer o reembolso do valor retido.
Um detalhe é que, observando-se o critério espacial da incidência do tributo, se você tem estabelecimento ou domicílio prestador (Vide LCP 116) no mesmo município da prestação do serviço não há o que se falar em retenção, quando à lei municipal à atribui apenas ao tomador de serviços quando o prestador não está domiciliado ou estabelecido no município.
