Emissão de nota fiscal Suframa

Olá amigos,

Tenho um cliente de Santa Catarina que enviou mercadoria trocada para Guajará Mirim - RO (Livre Comércio), na nota fiscal consta o item X e foi enviado o Y, quanto ao item X ele estará emitindo uma nota fiscal devolução (parcial), mas como o item Y está fisicamente no destino (RO), não consigo visualizar uma situação para acerto, ou seja, preciso faturar uma nota fiscal, mas até aonde entendo que faz o internamento da mercadoria e a transportadora, alguém poderia me auxiliar quanto a esta situação?