Dúvida aproveitamento de crédito

Bom dia, trago uma questão referente a uma empresa Cerealista tributada por Lucro Real estabelecida no estado de São Paulo, que possui os seguintes CNAEs:
CÓDIGO E DESCRIÇÃO DA ATIVIDADE ECONÔMICA PRINCIPAL
46.23-1-99 - Comércio atacadista de matérias-primas agrícolas não especificadas anteriormente

CÓDIGO E DESCRIÇÃO DAS ATIVIDADES ECONÔMICAS SECUNDÁRIAS
46.22-2-00 - Comércio atacadista de soja
46.23-1-08 - Comércio atacadista de matérias-primas agrícolas com atividade de fracionamento e acondicionamento associada
46.32-0-01 - Comércio atacadista de cereais e leguminosas beneficiados
49.30-2-02 - Transporte rodoviário de carga, exceto produtos perigosos e mudanças, intermunicipal, interestadual e internacional
46.83-4-00 - Comércio atacadista de defensivos agrícolas, adubos, fertilizantes e corretivos do solo
46.23-1-09 - Comércio atacadista de alimentos para animais
10.66-0-00 - Fabricação de alimentos para animais
46.23-1-06 - Comércio atacadista de sementes, flores, plantas e gramas
52.11-7-99 - Depósitos de mercadorias para terceiros, exceto armazéns gerais e guarda-móveis
46.18-4-99 - Outros representantes comerciais e agentes do comércio especializado em produtos não especificados anteriormente
46.32-0-02 - Comércio atacadista de farinhas, amidos e féculas
63.99-2-00 - Outras atividades de prestação de serviços de informação não especificadas anteriormente
46.92-3-00 - Comércio atacadista de mercadorias em geral, com predominância de insumos agropecuários

Ocorre que essa empresa possui caminhões próprios para transporte das mercadorias comercializadas e também faz transporte para terceiros, em épocas fora da safra agrícola e também alguns fretes de retorno.
Verifiquem que ela possui o CNAE de Transportadora como secundário.
Os fretes que a empresa realiza para terceiros, são tributados por ICMS, PIS e COFINS e não estamos nos apropriando de crédito referente a combustível e pneus devido a atividade principal não ser Transportadora.
Temos ciência que o aproveitamento dos créditos só pode se dar em função das saídas tributadas por tais tributos.
Nossa dúvida se dá pelo fato de Transportadora não estar no CNAE principal, se poderemos abater créditos desses tributos sem ter problemas com o fisco estadual (ICMS) e Federal (PIS/COFINS).
Também pensamos em abrir uma filial com CNAE principal Transportadora, mas não sei se aqui no Estado de São Paulo é permitido abrir filial com atividade principal diferente da Matriz. Acho que se pudéssemos abrir uma filial ficaria muito mais fácil o controle dos débitos e créditos relativos a essa situação.

Solicito ajuda no esclarecimento dessas dúvidas. Desde já agradeço.