Notas fiscais entradas muito atrasada e com mudança empresa!

Boa noite pessoal!
Sei que este tópico já foi citado e fechado a um tempo, porem ainda me resta uma duvida em relação a algo parecido!
Sou novo no site, e estou com uma duvida de um amigo que não sabe por onde começar .
Ele tem uma empresa, e sem muita orientação de seu contador, ele foi acumulando praticamente todas notas fiscais de compra em seu escritório durante uns 2 anos e pouco e não a enviou ao seu contador, dado a um tempo ele resolveu mudar sua empresa para MEI, para sair dos impostos, porem agora ele descobriu que as notas de entradas deveriam ter sido lançadas. E ele dispensou o contador, devido o fato de ter mudado para MEI.
Como proceder nessa situação, ele quer regularizar a empresa, mas não sabe como proceder.

Agradeço antecipadamente!