Boa tarde Graziella
As alíquotas, segundo o próprio IBPT, podem variar de estado para estado.
Se você já possui a tabela, verá que ao lado da descrição do serviço, as colunas informam os valores para tributação nacional, de importados, estadual e municipal. Localize-as e aplique em suas NFs.
Na tabela que possuo, do estado do Paraná, os serviços de transporte de natureza municipal (código 16.01), apresentam:
Federal: 13.45
Estadual: 0.00
Municipal: 2.11
(Fonte: Tabela IBPTaxPR17.1)
Espero ter ajudado.
À disposição,