Isso é subcontratação, ou seja, isto quer dizer que uma determinada empresa contrata uma transportadora para realizar o serviço de transporte e esta transportadora contrata uma outra transportada (subcontratada) para que esta realize o serviço, fazendo então, uma terceirização do serviço, certo?
Neste caso o transporte deve ser realizado com o CT-E emitido pela transportadora que subcontratou outra transportadora para realizar o serviço, é com esse C-TE que a empresa subcontratada deve realizar o serviço. Para reconhecer a receita a transportadora subcontratada deverá emitir um CT-E contra a transportadora contratante para reconhecer a receita para fins de tributação dos impostos federais.