Fernanda,
Boa tarde
Nunca emiti Manifestação para Nota Fiscal mas dando uma pesquisada vi que e já é procedimento obrigatório para as empresas do ramo de combustíveis (entradas de combustíveis), conforme disposto no Ajuste Sinief nº 17/2012:
a) estabelecimentos distribuidores;
b) postos de combustíveis e transportadores revendedores retalhistas.
Também é obrigatória para todas as notas fiscais com valores superiores a R$ 100.000,00 (cem mil reais), independentemente da atividade da empresa e do produto constante na nota fiscal, conforme Decreto 1.798/2013.
Qualquer empresa pode manisfestar de maneira voluntária, o programa é simples você apenas seleciona um dos tipos de manifestação, acrescenta alguma observação se necessário e pronto estará manifestada.
Ciência da Emissão: É o recebimento pelo destinatário ou pelo remetente de informações relativas à existência de NF-e em que esteja envolvido, quando ainda não existem elementos suficientes para apresentar uma manifestação conclusiva.
Confirmação da Operação: Quando você confirma que ocorreu a operação descrita na Nota Fiscal
Desconhecimento da Operação:Quando você não solicitou tal operação
Operação não realizada: Quando você solicita a operação mas a mesma não foi efetivada.
Espero ter ajudado.
Abraços.