Entendo que a partir do momento em que seja feita a baixa do estoque e a empresa esteja em processo de encerramento, deve-se fazer a apuração dos haveres da sociedade e dar a destinação do patrimônio aos sócios.
Se essas mercadorias forem destinadas ao sócio, eu particularmente faria a NF à ele e com endereço de destino, se for o caso, o armazém.
Sendo que o vínculo contratual do armazém passará ao novo proprietário das mercadorias, neste caso o sócio proprietário das mesmas.
Outra coisa, neste tipo de situação o Estado do RJ cobra ICMS do estoque que ficou remanescente, mesmo a empresa sendo enquadrada no SIMPLES Nacional.
Vale a pena verificar se é esse o caso em relação às suas mercadorias. Faça uma consulta na inspetoria mais próxima e no Fale Conosco on line.
Segue trecho do Regulamento ICMS/RJ
Art. 3°-E. Considera-se posta em circulação a mercadoria:
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IV - constante do estoque final, na data do encerramento da atividade;
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Parágrafo único. Na hipótese dos incisos IV e V do caput deste artigo, tomar-se-á como base de cálculo o valor do custo de aquisição mais recente acrescido de 50% (cinquenta por cento)
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Art. 58. Salvo disposição em contrário, o imposto será pago:
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I - dentro de 10 (dez) dias, no caso de mercadoria constante do estoque final na data do encerramento da atividade do estabelecimento, contando-se o prazo a partir dessa data;