Retenção de ISS - Código de serviço que não permite retenção

Boa tarde.

Estou com a seguinte situação:
Um cliente tem uma empresa médica com código de serviço 04030 - Medicina e Biomedicina.
Ela está situada em São Paulo, porém prestou o serviço para um hospital situado em Santos. Segundo a legislação do ISS, esse código de serviço não permite a retenção pelo tomador, mas no pedido de nota, o hospital sinalizou que o ISS fosse retido para que pudesse ser recolhido em Santos. Segundo o financeiro do Hospital, eles colocaram isso como regra para todos os prestadores de fora do municipio...
Porém, o sistema da nota não me permite fazer a retenção, sendo assim meu cliente vai pagar em duplicidade o ISS uma vez que quando emitir a guia o valor desse ISS vai estar incluso na mesma.

Podem me ajudar?
Agradeço desde já!

Boa Tarde !!

Gostaria de sanar a seguinte dúvida:


Minha empresa fez um acordo com um cliente, sobre uma debito em aberto, por ventura esse nosso cliente quer pagara nossa empresa um valor liquido abatendo novamente as retenções legais de (PIS ,COFINS, CSLL e IRPJ) , porém até onde entendo não se pode realizar retenções encima de valores já acordado judicialmente... gostaria de saber se procede esta ação de nosso cliente ou se tem alguma legislação especifica que fala sobre a não retenção de valores já acordado judicialmente.....