Bom dia Marcelo,
Quando o serviço for intermunicipal incide o ICMS em conformidade com o inciso II do artigo 1 da Lei Complementar nº 87/96
Art. 2° O imposto incide sobre:
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II - prestações de serviços de transporte interestadual e intermunicipal, por qualquer via, de pessoas, bens, mercadorias ou valores;
No caso quando o transporte for em vias municipais, o serviço é tributado pelo ISS conforme dispõe o inciso XIX do artigo 3 c/c item 16 da lista anexa na Lei Complementar 116/03.
Art. 3o O serviço considera-se prestado, e o imposto, devido, no local do estabelecimento prestador ou, na falta do estabelecimento, no local do domicílio do prestador, exceto nas hipóteses previstas nos incisos I a XXV, quando o imposto será devido no local:
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XIX - do Município onde está sendo executado o transporte, no caso dos serviços descritos pelo item 16 da lista anexa
OBS: ainda que seja em localidade diferente do estabelecido, incidirá o ISS se for realizado dentro do município de prestação.