Bom dia Aline.
Quando existe a prestação de serviços para empresas situadas no município de São Paulo, a empresa prestadora obrigatoriamente deve efetuar o cadastro de empresas de fora do município (CPOM), caso contrário, o ISS será retido independente do código do serviço e/ou em que local foi prestado. Você mencionou que a “Obra” foi realizada em Guarulhos/SP, creio que esteja relacionada no código de serviço 07.02, conforme o Art. 3°, item III da LC 116/03:
O serviço considera-se prestado, e o imposto, devido, no local do estabelecimento prestador ou, na falta do estabelecimento, no local do domicílio do prestador, exceto nas hipóteses previstas nos incisos I a XXV, quando o imposto será devido no local: (Redação dada pela Lei Complementar nº 157, de 2016)
III – da execução da obra, no caso dos serviços descritos no subitem 7.02 e 7.19 da lista anexa
Se realmente for o caso, será retido, e o tomador do serviço deverá recolher para o município de Guarulhos/SP., mas aconselho verificar também a lei municipal de Guarulhos de que trata sobre o ISS, pois, cada município possui sua particularidade.
Espero ter ajudado.