Bom dia Camila ,
Primeiramente me explica como é feita a operação de compra das mercadorias :
Vocês emitem Nota fiscal de Remessa para o Armazém ?
O Armazém é filial ?
Ao meu ver terá que ser feita uma operação em venda a ordem :
5.923 Remessa de mercadoria por conta e ordem de terceiros, em venda à ordem ou em operações com armazém geral ou depósito fechado.
Classificam-se neste código as saídas correspondentes à entrega de mercadorias por conta e ordem de terceiros, em vendas à ordem, cuja venda ao adquirente originário foi classificada nos códigos “5.118 - Venda de produção do estabelecimento entregue ao destinatário por conta e ordem do adquirente originário, em venda à ordem” ou “5.119 - Venda de mercadoria adquirida ou recebida de terceiros entregue ao destinatário por conta e ordem do adquirente originário, em venda à ordem”. Também serão classificadas neste código as remessas, por conta e ordem de terceiros, de mercadorias depositadas ou para depósito em depósito fechado ou armazém geral.
Nesse Caso a GNRE seria de SP para os demais estados.